Dans l'histoire du Japon fut un temps où les dirigeants ont favorisé la propagation du christianisme, et les périodes où apportés de l'étranger ont prouvé la doctrine en disgrâce, et ses disciples ont été persécutés. Dans les XV et XVI siècles, le christianisme se répandit rapidement dans les îles de l'archipel, mais à la fin du XVIe siècle a été interdit, et le peuple du Japon a pratiqué secrètement. Les résidents de Nagasaki ont été forcés chaque année de prouver qu'ils ne sont pas chrétiens. Pour cela, ils ont offert à bafouer l'image de Jésus-Christ et Mère de Dieu, et ce rituel faire, ils ont dû passer jusqu'à ce que le milieu du XIXe siècle. En général, le christianisme a été interdit au Japon de près de deux siècles et demi, pendant ce temps ont été exécutés, torturés ou déportés des milliers de personnes professant la religion.

5 février 1597 à Nagasaki ont été exécutés publiquement pour le travail missionnaire de 26 personnes, parmi lesquelles 20 ont été Japonais, quatre Espagnols, ainsi que du Mexique et de l'Inde. Par ordonnance du shogun Toyotomi Hideyoshi qui régnait alors arrêté chrétiens ont été torturés, puis mettre à Nagasaki et a été crucifié sur la croix érigée sur une colline Nisidzaka. Après l'exécution des victimes est devenu comme des saints martyrs de lire et de reconnaître les différents passe-temps. Cent ans après la canonisation en 1962 sur une colline ouvert un monument et un musée. Le 6 février Église catholique au Japon célèbre leur mémoire.

Le musée contient des documents historiques importants apportés de l'Europe et composées au Japon, période d'œuvre des débuts du christianisme au Japon. Exposez familiariser les visiteurs avec chronologiquement la période des débuts du christianisme, parfois persécution des chrétiens et de la vie des catholiques secrets dans la période de l'état d'auto-isolement.

À l'heure actuelle, le christianisme est la troisième des grandes religions au Japon après le bouddhisme et le Shintoïsme. Au début du XXI e siècle, il y avait environ 2, 5 millions de chrétiens, principalement catholiques.