La premire universit de Pcs a merg en 1367 comme l'une des plus anciennes d'Europe centrale du roi Louis le Grand, elle est alle en vertu pendant l'occupation turque. En 1921, l'ancien Universit hongroise Bratislava (il Bratislava, hongrois:. Pozsony) propose Pcs, Janus Pannonius est rezultatom1982 Universit (Janus Pannonius Tudomnyegyetem, JPTE).

La premire universit a t cre en Pcs par Louis Ier de Hongrie en 1367. Ayant exist en tant que centre ducatif unifi pour plusieurs dcennies, dans le milieu du 15me sicle, il a t divis en deux coles - droit et la thologie. Pendant l'occupation turque de l'universit a t ferm et ouvert seulement en 1785, lorsque Joseph II dplac l'Acadmie royale de Gyor, Pecs. En 1802, l'Acadmie royale est venu Gyor sur les ordres de Franois Ier, et les institutions de l'enseignement suprieur Pec tait pas jusqu'en 1833, lorsque l'vque de Pcs sous les auspices du snat de la ville fonde en Pec Acadmie avec les facults de droit et de philosophie.

Universit de Pcs moderne a t fonde en 1912 et l'origine situ dans Presbourg (aujourd'hui Bratislava). Aprs la Premire Guerre mondiale Pozsony tait aneksirovan de la Hongrie, et en 1921 a dmnag l'Universit de Pecs, o il demeure ce jour. En 1951, la Facult de mdecine de l'Universit a t spar, et jusqu'en 2000 tait une institution distincte. En 1982, l'Universit a t nomm d'aprs Janus Pannonius. Cette Universit de Pcs a t cr le 1 er Janvier 2000, grce la fusion de Janus Universit Pannonius, l'Universit de mdecine et de Teachers College.