La première université de Pécs a émergé en 1367 comme l'une des plus anciennes d'Europe centrale du roi Louis le Grand, elle est allée en vertu pendant l'occupation turque. En 1921, l'ancien Université hongroise à Bratislava (il Bratislava, hongrois:. Pozsony) propose à Pécs, Janus Pannonius est rezultatom1982 Université (Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE).

  La première université a été créée en Pécs par Louis Ier de Hongrie en 1367. Ayant existé en tant que centre éducatif unifié pour plusieurs décennies, dans le milieu du 15ème siècle, il a été divisé en deux écoles - droit et la théologie. Pendant l'occupation turque de l'université a été fermé et ouvert seulement en 1785, lorsque Joseph II déplacé l'Académie royale de Gyor, Pecs. En 1802, l'Académie royale est venu à Gyor sur les ordres de François Ier, et les institutions de l'enseignement supérieur à Pec était pas jusqu'en 1833, lorsque l'évêque de Pécs sous les auspices du sénat de la ville fondée en Pec Académie avec les facultés de droit et de philosophie.

  Université de Pécs moderne a été fondée en 1912 et à l'origine situé dans Presbourg (aujourd'hui Bratislava). Après la Première Guerre mondiale Pozsony était aneksirovan de la Hongrie, et en 1921 a déménagé à l'Université de Pecs, où il demeure à ce jour. En 1951, la Faculté de médecine de l'Université a été séparé, et jusqu'en 2000 était une institution distincte. En 1982, l'Université a été nommé d'après Janus Pannonius. Cette Université de Pécs a été créé le 1 er Janvier 2000, grâce à la fusion de Janus Université Pannonius, l'Université de médecine et de Teachers College.