Le monastère a été fondé en bas Maura Dias en 1280 pour les religieuses klarissok. Le monastère n'a pas duré longtemps, et en 1311, il a cessé d'exister. En 1316, l'épouse du roi Dinis I, la Reine Isabelle de Portugal, le monastère restauré.

La reine Isabelle du Portugal a également appelé "Holy Queen" à cause de sa piété et la droiture exceptionnelle. La reine aussi célèbres pour leur bon caractère est basé hôpitaux, les orphelinats et les écoles. Après la mort de son mari, le roi Dinis, elle se retira au monastère. Et en 1336 la reine mourut et fut enterré dans le monastère dans la tombe, décorée dans le style gothique. En 1626, la reine Isabelle a été canonisé pour sa charité et aux bonnes œuvres.

Le premier architecte du monastère était Domingos Domingues, connu pour son travail sur les galeries du monastère d'Alcobaça. Il a continué le travail de cet architecte Estevao Domingues, qui était célèbre pour ses travaux sur la cathédrale de galeries à Lisbonne. En 1330, la consécration du temple, et plus tard dans la partie sud de l'église a été construit un monastère. Le monastère est très souvent présenté les dons en espèces. Au début du XVIe siècle, l'église a été décorée avec des carreaux sévillans et nouveaux autels installés.

Depuis le monastère et l'église ont été construits sur la rive gauche de la rivière Mondego, puis un an plus tard, le bâtiment a été inondé sur les rives de l'eau des rivières. Et pendant des siècles le monastère inondé de nombreuses fois. En raison des inondations fréquentes dans le monastère, il n'a pas été possible d'être, et le roi Jean IV a ordonné de quitter le bâtiment et de passer à un nouveau monastère - Monastère de Santa Clara-a-Nova, construit sur une colline non loin de l'ancien bâtiment. Le tombeau avec des restes de la reine Isabelle et d'autres personnes royales ont été transférés dans le nouveau bâtiment.

Au fil du temps, l'ancien monastère en ruines. En 1910, le bâtiment a été classé monument d'importance nationale, et certains travaux de reconstruction ont été réalisées dans la première moitié du XXe siècle.