Église de San Sebastian est situé sur une colline, près du marché aux poissons, dans la partie nord de la vieille ville de Lagos. De cet endroit offre de superbes vues panoramiques sur la baie. L'église est considérée comme l'une des églises les plus anciennes et les plus belles de la ville.

Même avant l'église a été construite à cet endroit en 1325 était une chapelle de l'Immaculée Conception de la Bienheureuse Vierge Marie. En 1463, Mgr João de Mello a fait que dans ce lieu une église a été construite. En 1490, par ordre du roi du Portugal, Don João II, nous avons été à nouveau effectué des travaux de reconstruction, et l'église a été prolongée. Après cela, l'église a été consacrée comme l'église de San Sebastian (église Saint-Sébastien). Malheureusement, comme cela est arrivé avec de nombreux bâtiments historiques au Portugal, l'église a été pratiquement détruite pendant le tremblement de terre de Lisbonne en 1755. L'église a été restaurée, et deux siècles plus tard, l'église fut à nouveau détruite par un tremblement de terre qui a eu lieu en 1969. Au fil du temps, l'église a été de nouveau restauré.

Dans l'église de trois nefs séparées par des colonnes doriques. Le maître-autel de l'église d'origine remonte au XVI siècle. Autel se compose de quatre panneaux. Il est prévu que ces panneaux ont créé une des artistes les plus célèbres de l'Algarve dans le XVI siècle Alvaro Dias. L'église a gardé l'ancien plan de la ville. En 1828, l'église a une tour avec une cloche.

En 1924, l'église de San Sebastian a été classé monument d'importance nationale.