Une ancienne légende dit que en 1364 noble lituanien nommé Goshtautas invité à 14 frères franciscains et leur a donné la maison afin qu'ils puissent s'installer dans le pays. Lorsque Goshtautasa gauche, tous les moines ont été tués. Quelque temps plus tard, le noble Inviter moines franciscains. Nouveaux moines qu'il installés dans un autre endroit, et la place des moines assassinés, il construit une église, nommée en l'honneur de la Sainte Croix.

En 1524, l'église a brûlé. En 1635, dans ce lieu prêtres installés Bonifratrzy. Ils ont commencé leur travail avec, construit une nouvelle église de la Sainte Croix, fondé près du monastère du même nom et a ouvert à l'hôpital du monastère. Plus tard, l'hôpital est devenu un refuge pour les malades mentaux. Goshtautasa église catholique a été attribué par l'enceinte du monastère. L'hôpital psychiatrique exploité ici jusqu'en 1903, quand il a été déplacé vers le nouveau bâtiment construit spécialement pour l'hôpital psychiatrique.

En 1737, une église a été incendiée à nouveau. En 1748, l'église a été rénové, l'intérieur a été complètement réparé, six autels ont été construits et Département Kost'ol'na installé a été construite dans le style baroque. Juste décorée façade baroque et le bâtiment du monastère. Bien après la restauration de l'extérieur de l'immeuble et il y avait des éléments de style rococo. L'intérieur du temple se dresse majestueusement sur les spacieuses chambres voûtes cruciformes de pierre. Combinaison intéressante d'éléments architecturaux de style baroque, rococo et néo-rococo.

Au temple, il ya une source, qui est considérée comme miraculeuse. Les légendes disent que la source est soudainement apparu près de la statue de l'Immaculée Conception. Ceci est l'endroit où les moines ont été torturés Franciscains tués. Ils disent que l'eau est particulièrement bénéfique de cette source sur les patients souffrant de maladies oculaires.

Dans l'église il ya aussi une croix miraculeuse, qui est monté au-dessus de l'autel principal. Ci-dessous la croix est une image de la Vierge Marie avec l'enfant. Vraisemblablement, l'image peinte au 17ème siècle, mais à coup sûr l'origine de la peinture est inconnue. Elle est également classée parmi les créations miraculeuses. Une copie de l'icône miraculeuse de la Sainte Vierge à l'Enfant, sous la forme de fresques peut être vu sur la façade principale de l'église. Il est sous un fronton cintré, construit en 1737 entre les deux tours latérales de l'église.

Entre 1914 et 1924, dans l'église a tenu un service spécial pour les élèves des écoles lituaniennes. À une époque où de Vilnius a été occupée par la Pologne, n'a pas été effectuée dans le service du temple en lituanien yazyke.V Bonifratr 1,843 Ordre a été aboli, et à la place du monastère ne restait plus que leur représentation. En 1909, l'église a de nouveau été réparé. À la fin de la Première Guerre mondiale, en 1924, évêque Jurgis Matulaitis Bonifratr invité à retourner au monastère de la Sainte Croix. Retour des moines dans le monastère était très opportune. Ils ont réparé l'église, en érigeant des six autels. Ils ont également organisé au monastère un refuge pour les personnes âgées et la cuisine de la soupe pour les "Caritas" nécessiteux.

Au début de la Seconde Guerre mondiale, les frères de Vilna ont été retirées Bonifratrzy Ordre. En 1947, le monastère protégé par les sœurs de la congrégation "de l'Immaculée Conception de la Bienheureuse Vierge Marie." Cependant, ils sont dominés par de courte durée. Autorités soviétiques fermés en 1949 et le monastère et de l'église. Les bâtiments du monastère étaient situés les appartements résidentiels.

En 1976, le temple a été restauré et aménagé en elle la salle de concert philharmonique de Vilnius, la soi-disant "Petite Salle du baroque." Il y avait des concerts de musique d'orgue.

Vilnius archevêché de rentrer dans leurs maisons seulement après le changement de régime en 1990. Les bâtiments du temple et monastère ont été restaurés et transférés aux religieuses nouvellement consacrées Congrégation des Sœurs "Immaculée Conception de la Bienheureuse Vierge Marie."