Université de Zagreb est la plus ancienne, non seulement en Croatie, mais aussi en Europe du Sud-Est. La date de sa fondation officielle est considéré comme 23 Septembre 1669, quand l'empereur romain et le roi hongrois-croate Leopold I a rendu une loi reconnaissant les privilèges et le statut de l'Université des établissements d'enseignement de l'ancienne Académie jésuite, qui opéraient sur le territoire d'une ville royale libre de Zagreb, l'ancienne capitale du Royaume de la Croatie et de la Slavonie. Cette date est le début de l'histoire de l'Université de Zagreb dans leur lutte pour la mise en œuvre des droits reçus et d'obtenir une place digne parmi les autorité et représentant des universités et des académies en Europe centrale.

Histoire de l'Université de Zagreb, dans sa forme moderne commence avec l'évêque initiative dzhyakovskogo et mécène important du Croate Josip Juraj Strossmayer, quand il en 1861 a proposé d'organiser l'université quatre facultés: médecine, théologiques, philosophiques et juridiques. La proposition a été examinée depuis plusieurs années, et en 1874, le Parlement croate a adopté l'initiative et a publié un décret "sur l'université." Dans la même année, l'université a changé son nom et est devenu connu comme l'université moderne à Zagreb.

Depuis 1990, l'Université a reçu une plus grande autonomie, dans le même temps a commencé l'adhésion au processus de Bologne.