L'église de Sainte-Sophie a été construite au milieu du VII siècle sur les ruines de trois fois la longueur de sa basilique paléochrétienne, et à l'époque byzantine, il a été entouré par de nombreux bâtiments comme un culte et des fins administratives. Depuis 1585 l'église est devenue une mosquée, mais a été de nouveau consacré comme une église en 1912.

Preuves historiques et archéologiques suggèrent que dans la nef et dans la partie sud de la colonnade du temple de Sainte-Sophie a été enterré métropolites de Thessalonique, par exemple, Grigoros Kutalis et Konstantin Mesopotamitis.

L'intérieur de l'église est décoré avec de nombreuses mosaïques et les fresques IX-X siècles. La fresque "L'Ascension" orne la coupole de l'église.